bonjour,
 
je me permets de vous répondre, car j'ai déjà vécu plusieurs fois ce genre de situations, étant éducatrice de jeunes enfants et ayant travaillé en crèche et halte garderie. Rassurez vous, cela arrive très fréquemment. Il est important de verbaliser ce genre de situation, en lui reprécisant (avec un vocabulaire adapté à son âge bien entendu ;) ) le rôle et la place de chacun dans la famille : cela va lui permettre ainsi de se rassurer et cela va lui permettre aussi de voir qu'il peut profiter de chacun de ses parents et ce de manière différente (moment de chahuts, moment de lecture, moment de jeu, etc...) Pour que cela lui paraisse plus concret, vous pouvez dessinez avec lui sa famille et qu'il explique avec ses mots son rôle sa place ainsi que ceux de papa et de maman...
Quand votre petit bonhomme ne veut pas faire quelque chose avec son papa, il est important que vous, vous aidiez votre fils à passer le relais. Je m'explique, quand par exemple le papa veut lire une histoire avec lui et que votre fils lui dit "non", vous pouvez ainsi intervenir et lui dire "tu vois maman n'est pas disponible pour le moment mais par contre papa l'est et il peut tout aussi bien lire l'histoire avec toi" et ainsi partir vaquer à vos occupations et le laisser instaurer ainsi une confiance et un moment individualisé avec son papa.
De cette manière, votre petit bonhomme va assimiler le fait que vous l'autoriser à passer des moments seuls avec son papa sans que vous lui en vouliez ;)
Et ainsi, petit à petit, vous vous effacez un peu de cette manière en verbalisant bien les situations pour que le papa retrouve une place auprès de votre enfant. Il est important aussi qu'avec le papa, vous restez cohérent dans vos actes et dans vos paroles. 
le papa peut aussi lui proposer des activité à faire avec lui, de manière à ce que votre petit bonhomme se sente "grand", comme par exemple le papa peut lui proposer d'aller chercher le pain avec lui et lui laisser donnez la pièce à la boulangère ;) 
Bien le rassurez sur le fait qu'il peut faire des choses "sans vous" et que pour autant, vous continuerez à l'aimer et que rien ne changera. 
Vous pouvez avec votre conjoint, définir des moments individualisés pour chacun ,avec votre enfant, mais aussi faire des choses tout les trois et s'y tenir au quotidien pour que votre fils intègre bien ces nouveaux repères, qu'il puisse les assimiler en douceur et ainsi être rassurer dans le fait que cela ne change en rien l'amour de ses parents.
j'espère avoir répondu au mieux à votre questionnement et je vous souhaite une agréable journée
Delphine